עמותה חייבת לפעול על-פי התקנון שלה. חובה זו נובעת הן מסעיף 27 לחוק העמותות הקובע
נכון לשנת 2014, עמותה שהמחזור הכספי שלה עולה על 1,172,933 ₪ (סכום המתעדכן מידי שנה),
סעיף 38 לחוק העמותות קובע מהם המסמכים שעל כל עמותה להגיש לרשם העמותות. את המסמכים
כאשר נמצאו ליקויים בהתנהלות העמותה, המצדיקים הפעלת סמכויות של הרשם. בשים לב לנסיבות העניין ולמהות
עמותה רשאית להעביר כספים או נכסים לתאגיד מלכ"רי אחר, אולם עליה להקפיד על מספר תנאים
אחד הנושאים המרכזיים הנבדקים לעניין תקינות פעילות העמותה הוא קידום מטרותיה הרשומות. המטרות הרשומות הן
עמותה אינה רשאית לשלם שכר לחברי הוועד וחברי ועדת הביקורת, אלא גמול ישיבה והחזר הוצאות
העמותה נדרשת למנות מורשי חתימה לצורך התנהלותה השוטפת. בהתאם לסעיף 18 לתקנון המצוי, על הוועד
ארגונים שאינם זכאים למענק הפעימה השלישית עשויים לקבל מענק במסגרת מיזם משותף של ממשלת ישראל
ועדת החריגים המיוחדת לתמיכות לפי סעיף 3א לחוק יסודות התקציב, המוסמכת לאשרמקדמות על-חשבון כספי התמיכות